アンチセンスオリゴヌクレオチド(Antisense oligonucleotides: ASO)などに代表される核酸医薬品の開発や品質管理では、目的の合成オリゴ核酸から可能な限り不純物を分離する分析法の開発が求められています。ここでは、ポリマー系HILICカラムHILICpak VN-50 2Dを用いて20merの目的合成オリゴDNAと19mer (n-1)、18mer (n-2)、17mer (n-3)のヌクレオチド欠損体についてHPLC測定を行いました。HILICモードは基本的に親水性が高い試料ほど保持が強くなるため、各合成オリゴDNAは重合度の低い順に溶出することが確認されました。本条件はイオンペア試薬が不要で、また高濃度の塩を移動相に添加する必要もないため、オリゴ核酸のLC/MS分析に好適です。
Sample: Synthesized oligo-DNAs (crude), 1 μL
- 1.20mer (n), CTTCTCATGGTTCTTCGGAA
- 2.19mer (n-1), TTCTCATGGTTCTTCGGAA
- 3.18mer (n-2), TCTCATGGTTCTTCGGAA
- 4.17mer (n-3), CTCATGGTTCTTCGGAA
- Column
- ：Shodex HILICpak VN-50 2D (2.0 mm I.D. x 150 mm)
- Eluent
- ：(A); 50 mM HCOONH4 aq./(B); CH3CN
Linear gradient;
(B %) 62 to 56 % (0 to 10 min), 56 % (10 to 20 min), 56 to 62 % (20 to 20.01 min), 62 % (20.01 to 25 min) - Flow rate
- ：0.2 mL/min
- Detector
- ：UV (260 nm) (small cell volume), ESI-MS (SIM Negative)
- Column temp.
- ：60 ℃