オリゴ核酸の不純物分析 (2) 塩基配列違い (VN-50 2D)

アンチセンスオリゴヌクレオチド(Antisense oligonucleotides: ASO)などになどに代表される核酸医薬品の開発や品質管理では、目的の合成オリゴ核酸から可能な限り不純物を分離する分析法の開発が求められています。ここでは、ポリマー系HILICカラムHILICpak VN-50 2Dを用いて20merの目的合成オリゴDNAと3つの塩基配列違い(配列違いが1,2,3か所)の合成オリゴDNAについてHPLC測定を行いました。導入された塩基の種類が異なると試料の親水性が変わるため、HILICモードにより各合成オリゴDNAが分離検出されることが確認されました。本条件はイオンペア試薬が不要で、また高濃度の塩を移動相に添加する必要もないため、オリゴ核酸のLC/MS分析に好適です。

Sample: Synthesized oligo-DNAs (crude), 1 μL

  1. 1.20mer, ATACCGATTAAGCGAAGTTT
  2. 2.20mer, ATACCGATTAAGCGAATTTT
  3. 3.20mer, ATACCGATTAAGCTAATTTT
  4. 4.20mer, ATACCGATTAATCTAATTTT
Column
Shodex HILICpak VN-50 2D (2.0 mm I.D. x 150 mm)
Eluent
(A) 50 mM HCOONH4 aq./(B) CH3CN
Linear gradient;
(B %) 62 to 56 % (0 to 10 min), 56 % (10 to 20 min), 56 to 62 % (20 to 20.01 min), 62 % (20.01 to 25 min)
Flow rate
0.2 mL/min
Detector
UV (260 nm) (small cell volume), ESI-MS (SIM Negative)
Column temp.
60 ℃

試料名インデックス

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