RNAは五炭糖であるリボースとリン酸、塩基で構成されます。核酸医薬では、通常のオリゴ核酸よりも安定性が向上するホスホロチオエート化されたオリゴ核酸がよく使われますが、さらにリボースを化学修飾することにより標的配列との結合力が向上します。ここでは、ポリマー系HILICモード用カラムHILICpak VN-50 2Dを用いて合成ホスホロチオエート化オリゴRNAのリボース全てが2'-MOE（2'-Methoxyethyl）修飾されたもの、両末端5塩基のリボースのみが2'-MOE修飾されたもの、リボース全てが2'-OMe（2'-O-Methyl）修飾されたもの更に未修飾の合成ホスホロチオエート化オリゴRNAについてLC/UV/MS測定を行いました。合成ホスホロチオエート化オリゴRNA は2'-MOEの導入が多いほど疎水性が高くなります。HILICモードは基本的に親水性が高い試料ほど保持が強くなるため、未修飾型よりも2'-MOE修飾型の方が保持が弱いことが分かります（ピーク１、2、4参照）。一方、2‘-OMeは2’-MOEほど疎水性が高くないため、すべてのリボースを修飾してもさほど保持は弱まらず、2'-MOEで部分修飾したものとほぼ同等の溶出であることが分かりました（ピーク2、3参照）。
本条件はイオンペア試薬が不要で、また高濃度の塩を移動相に添加する必要もないため、オリゴ核酸のLC/MS分析に好適です。

各種オリゴ核酸のLC/UV/MSによる溶出比較 (VN-50 2D)



Sample : 0.2 mg/mL each (in H₂O), 1 μL
1. Synthesized phosphorothioated oligo-2'-MOE-RNA 20mer(cartridge purified),
[2MOeA]*[2MOeU]*[2MOeA]*[2MOeC]*[2MOeC]*[2MOeG]*[2MOeA]*[2MOeU]*[2MOeU]*[2MOeA]*[2MOeA]*[2MOeG]*[2MOeC]*[2MOeG]*[2MOeA]*[2MOeA]*[2MOeG]*[2MOeU]*[2MOeU]*[2MOeU]

2. Synthesized phosphorothioated oligo-2'-MOE(1-5/16-20)-RNA 20mer(cartridge purified),
[2MOeA]*[2MOeU]*[2MOeA]*[2MOeC]*[2MOeC]*[rG]*[rA]*[rU]*[rU]*[rA]*[rA]*[rG]*[rC]*[rG]*[rA]*[2MOeA]*[2MOeG]*[2MOeU]*[2MOeU]*[2MOeU]

3. Synthesized phosphorothioated oligo-2'-OMe-RNA 20mer(cartridge purified),
[2OMeA]*[2OMeU]*[2OMeA]*[2OMeC]*[2OMeC]*[2OMeG]*[2OMeA]*[2OMeU]*[2OMeU]*[2OMeA]*[2OMeA]*[2OMeG]*[2OMeC]*[2OMeG]*[2OMeA]*[2OMeA]*[2OMeG]*[2OMeU]*[2OMeU]*[2OMeU]

4. Synthesized phosphorothioated oligo-RNA 20mer(cartridge purified),
A*U*A*C*C*G*A*U*U*A*A*G*C*G*A*A*G*U*U*U

* means phosphorothioated position

Column       : Shodex HILICpak VN-50 2D (2.0 mm I.D. x 150 mm)
Eluent       : (A)50 mM HCOONH4 aq. (pH9.8)/(B) CH3CN
               Linear gradient ;
               (B %) 64 to 57 % (0 to 10 min), 57 % (10 to 20 min), 
                     57 to 64 % (20 to 20.01 min), 64 % (20.01 to 25 min)
Flow rate    : 0.3 mL/min
Detector     : UV (260 nm) (small cell volume), ESI-MS (SIM Negative)
Column temp. : 40 ℃