反义寡核苷酸(Antisense oligonucleotides: ASO)等核酸药物的开发和品质管理中，需要开发尽可能从合成的目标寡核酸中分离出杂质的方法。以下是使用聚合物基质HILIC色谱柱HILICpak VN-50 2D进行20mer的目标合成寡DNA和三种碱基序列差异（1，2，3处差异）合成寡DNA的HPLC分析的应用实例。导入不同类型的碱基会导致样品亲水性的变化，所以使用HILIC模式可以分离各种寡DNA。本实验条件不需要离子对试剂，也不需要在流动相中添加高浓度盐，适用于寡核酸的LC/MS分析。
Sample: Synthesized oligo-DNAs (crude), 1 μL
- 1.20mer, ATACCGATTAAGCGAAGTTT
- 2.20mer, ATACCGATTAAGCGAATTTT
- 3.20mer, ATACCGATTAAGCTAATTTT
- 4.20mer, ATACCGATTAATCTAATTTT
- Column
- ：Shodex HILICpak VN-50 2D (2.0 mm I.D. x 150 mm)
- Eluent
- ：(A) 50 mM HCOONH4 aq./(B) CH3CN
Linear gradient;
(B %) 62 to 56 % (0 to 10 min), 56 % (10 to 20 min), 56 to 62 % (20 to 20.01 min), 62 % (20.01 to 25 min) - Flow rate
- ：0.2 mL/min
- Detector
- ：UV (260 nm) (small cell volume), ESI-MS (SIM Negative)
- Column temp.
- ：60 ℃