RNA 由五碳糖核糖、磷酸和碱基组成。核酸药物通常使用硫代磷酸化寡核苷酸，它比常规寡核苷酸更稳定，但核糖的进一步化学修饰提高了它们与靶序列的结合。以下是使用聚合物基质HILIC色谱柱HILICpak VN-50 2D进行合成硫代磷酸化低聚RNA的所有核糖都被2'-MOE（2'-甲氧乙基）修饰的样品，只有两端5个碱基的核糖被2'-MOE修饰样品，所有核糖被2'-OMe（2'-O-甲基）修饰的样品以及未修饰的合成硫代磷酸化低聚RNA样品的LC/UV/MS分析。随着更多 2'-MOE 的引入，合成的硫代磷酸化低聚RNA 疏水性增强。在 HILIC 模式下，样品的亲水性越高，保留越强，因此可以看出 2'-MOE 修饰的样品保留比未修饰样品弱（见峰 1、2 和 4）。另一方面，2'-OMe的疏水性不如2'-MOE，因此即使所有核糖都被修饰也不会显着削弱保留，洗脱能力与2'-MOE部分修饰的样品几乎相同（见峰值 2 和 3）。
因为该条件不需要离子对试剂，也不需要在流动相中加入高浓度的盐，所以非常适用于寡核苷酸的 LC/MS 分析。

各种寡核苷酸的LC/UV/MS洗脱比较（VN-50 2D）



Sample : 0.2 mg/mL each (in H₂O), 1 μL
1. Synthesized phosphorothioated oligo-2'-MOE-RNA 20mer(cartridge purified),
[2MOeA]*[2MOeU]*[2MOeA]*[2MOeC]*[2MOeC]*[2MOeG]*[2MOeA]*[2MOeU]*[2MOeU]*[2MOeA]*[2MOeA]*[2MOeG]*[2MOeC]*[2MOeG]*[2MOeA]*[2MOeA]*[2MOeG]*[2MOeU]*[2MOeU]*[2MOeU]

2. Synthesized phosphorothioated oligo-2'-MOE(1-5/16-20)-RNA 20mer(cartridge purified),
[2MOeA]*[2MOeU]*[2MOeA]*[2MOeC]*[2MOeC]*[rG]*[rA]*[rU]*[rU]*[rA]*[rA]*[rG]*[rC]*[rG]*[rA]*[2MOeA]*[2MOeG]*[2MOeU]*[2MOeU]*[2MOeU]

3. Synthesized phosphorothioated oligo-2'-OMe-RNA 20mer(cartridge purified),
[2OMeA]*[2OMeU]*[2OMeA]*[2OMeC]*[2OMeC]*[2OMeG]*[2OMeA]*[2OMeU]*[2OMeU]*[2OMeA]*[2OMeA]*[2OMeG]*[2OMeC]*[2OMeG]*[2OMeA]*[2OMeA]*[2OMeG]*[2OMeU]*[2OMeU]*[2OMeU]

4. Synthesized phosphorothioated oligo-RNA 20mer(cartridge purified),
A*U*A*C*C*G*A*U*U*A*A*G*C*G*A*A*G*U*U*U

* means phosphorothioated position

Column       : Shodex HILICpak VN-50 2D (2.0 mm I.D. x 150 mm)
Eluent       : (A)50 mM HCOONH4 aq. (pH9.8)/(B) CH3CN
               Linear gradient ;
               (B %) 64 to 57 % (0 to 10 min), 57 % (10 to 20 min), 
                     57 to 64 % (20 to 20.01 min), 64 % (20.01 to 25 min)
Flow rate    : 0.3 mL/min
Detector     : UV (260 nm) (small cell volume), ESI-MS (SIM Negative)
Column temp. : 40 ℃