核酸作为备受期待的下一代医药品，其开发和品质管理需要高灵敏度，高选择性的分析方法。原先分析寡脱氧核苷酸使用的较多的方法是利用添加离子对试剂的反相模式以及离子交换模式。然而离子对试剂容易在设备中残留，离子交换模式检测时需要高浓度的盐不适用于MS体系。以下是使用聚合物基质HILIC色谱柱HILICpak VN-50 2D进行未精制的寡DNA合成品(ATACCGATTAAGCGAAGTTT)的LC/UV/MS测定。使用HILIC模式进行分离不需要添加离子对试剂，使用50 mM甲酸铵和乙腈混合溶液作为流动相进行梯度洗脱，从2聚体到20聚体都等得到良好的分离效果。而且MS检量线直线性非常高，可以完成高灵敏度，高选择性的定量分析。
Sample : 1 µL
Synthesized oligo-DNA 20 mer (ATACCGATTAAGCGAAGTTT; crude)
2.2 mg/mL (in H2O)
Column : Shodex HILICpak VN-50 2D (2.0 mm I.D. x 150 mm)
Eluent : (A)50 mM HCOONH4 aq./(B) CH3CN
Linear gradient ;
(B %) 60 % (0 to 10 min), 60 % to 55 % (10 to 15 min), 60 % (15 to 20 min)
Flow rate : 0.2 mL/min
Detector : UV (260 nm) (small cell volume), ESI-MS (SIM Negative)
Column temp. : 40 ℃