反义寡核苷酸(Antisense oligonucleotides: ASO)等核酸药物的开发和品质管理中,需要开发尽可能从合成的目标寡核酸中分离出杂质的方法。以下是使用聚合物基质HILIC色谱柱HILICpak VN-50 2D进行20mer的目标合成寡DNA和19mer (n-1)、18mer (n-2)、17mer (n-3)的核苷酸片段缺失体HPLC分析的应用实例。HILIC模式基本上亲水性越强保留时间越长,所以按照各合成寡DNA聚合度由低到高顺序洗脱。本实验条件不需要离子对试剂,也不需要在流动相中添加高浓度盐,适用于寡核酸的LC/MS分析。
Sample: Synthesized oligo-DNAs (crude), 1 μL
- 1.20mer (n), CTTCTCATGGTTCTTCGGAA
- 2.19mer (n-1), TTCTCATGGTTCTTCGGAA
- 3.18mer (n-2), TCTCATGGTTCTTCGGAA
- 4.17mer (n-3), CTCATGGTTCTTCGGAA
- Column
- :Shodex HILICpak VN-50 2D (2.0 mm I.D. x 150 mm)
- Eluent
- :(A); 50 mM HCOONH4 aq./(B); CH3CN
Linear gradient;
(B %) 62 to 56 % (0 to 10 min), 56 % (10 to 20 min), 56 to 62 % (20 to 20.01 min), 62 % (20.01 to 25 min) - Flow rate
- :0.2 mL/min
- Detector
- :UV (260 nm) (small cell volume), ESI-MS (SIM Negative)
- Column temp.
- :60 ℃