核酸由五碳糖、磷酸和碱基组成。在RNA中，五碳糖是核糖，而在DNA中，是脱氧核糖（核糖的2位羟基（OH）被氢（H）取代）。核酸类药物常使用硫代磷酸化寡核苷酸，比普通寡核苷酸更稳定。以下是使用聚合物基质HILIC 模式色谱柱 HILICpak VN-50 2D 对合成低聚 DNA、合成硫代磷酸酯型低聚DNA、合成低聚RNA和合成硫代磷酸型低聚RNA 进行了LC/UV/MS分析的应用实例。在 HILIC 模式下，样品的亲水性越高，保留越强。但由于合成低聚DNA的疏水性比合成的低聚RNA更强，可以看出保留较弱（见峰 1 和峰 3）。此外，硫代磷酸酯型寡核苷酸的保留能力低于非硫代磷酸酯型寡核苷酸，因为它们所有与磷酸盐结合部分S化而变得更加疏水（参见峰 1、2 和 3、4）。
因为此实验条件不需要离子对试剂，也不需要在流动相中加入高浓度的盐，所以非常适用于寡核苷酸的 LC/MS 分析。

2'-OMe 和 2'-MOE 修饰型硫代磷酸化低聚RNA的LC/UV/MS洗脱比较 (VN-50 2D)



Sample : 0.1 mg/mL each (in H₂O), 1 μL
1. Synthesized oligo-DNA 20mer(crude),
ATACCGATTAAGCGAAGTTT

2. Synthesized phosphorothioated oligo-DNA 20mer(crude),
A*T*A*C*C*G*A*T*T*A*A*G*C*G*A*A*G*T*T*T

3. Synthesized oligo-RNA 20mer(cartridge purified),
AUACCGAUUAAGCGAAGUUU

4. Synthesized phosphorothioated oligo-RNA 20mer(cartridge purified),
A*U*A*C*C*G*A*U*U*A*A*G*C*G*A*A*G*U*U*U

* means phosphorothioated position

Column       : Shodex HILICpak VN-50 2D (2.0 mm I.D. x 150 mm)
Eluent       : (A)50 mM HCOONH4 aq. (pH9.8)/(B) CH3CN
               Linear gradient ;
               (B %) 64 to 56 % (0 to 10 min), 56 % (10 to 20 min),
                     56 to 64 % (20 to 20.01 min), 64 % (20.01 to 25 min)
Flow rate    : 0.3 mL/min
Detector     : UV (260 nm) (small cell volume), ESI-MS (SIM Negative)
Column temp. : 40 ℃