单糖、二糖、寡糖以及糖醇的相互分离使用配位体交换模式或者亲水性作用(HILIC)非常有效。淀粉等多糖的分析主要用SEC模式进行分离。氨基糖等酸性糖使用离子排阻的模式进行分离。Shodex有适用于各种糖分析的色谱柱。