糖链解析，包含精制后的蛋白质所含有的糖链不均一、糖链特有的同分异构体的识别的必要性等课题。解决这些问题是用HPLC是非常有效的手段。是用亲和模式分离、甚至HILIC漠视分离，可以实现各种糖链的分离和定量。如下的应用实例，是使用聚合物基质氨基柱Asahipak NH2P-40 2D分析2-氨基安息香酸(2AA)衍生糖链，并且使用 ESI-TOF-MS进行糖链的定性。
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Sample : 2 μL
Human IgG (1 μg protein)
2AA-labeled N-Glycan

Column       : Shodex Asahipak NH2P-40 2D (2.0 mm I.D. x 150 mm)
Eluent       : (A); 95 % MeCN/0.1 % Formic acid
               (B); 5 % MeCN/0.1 % Formic acid
               Linear gradient;
               (B %) 30 % (0 - 2.5 min), 30 - 95 % (2.5 - 20 min)
Flow rate    : 0.2 mL/min
Detector     : ESI-TOF MS 
               (Polarity : Negative, Full MS range : 2000, CDL temp.: 190 ℃, 
               Detector voltage: 1.7 kV, Neuburising gas: 1.5 L/min)
Column temp. : 45 ℃