生物、制药和食品等领域的研究中需要分析蛋白质和肽。使用各种分离模式的HPLC法是蛋白质和肽分析最常用的分析方法之一。用于蛋白质分析的主要分离模式包括凝胶过滤色谱（尺寸排阻色谱）、反相色谱和离子交换色谱。结合HILIC模式和LC/MS的复合分离模式也被应用于肽和氨基酸分析。